Kto stara się doskonalić w czystości, unikając tego, co niedoskonałe, odradza się w Duchu Świętym (Jan od Krzyża, Droga na Górę Karmel, II 5,5). Tak najprościej można określić ważną rolę dla Jana od Krzyża, jaką pełnił Duch Święty. Odrodzenie człowieka odbywa się tylko i wyłącznie przy łasce Ducha Świętego. Wówczas dusza człowieka najbardziej zbliża się ku Bogu. Jeśli się kto nie odrodzi z wody i Ducha Świętego, nie może wejść do Królestwa Bożego (J 5,3).

 

Właśnie pod natchnieniem Ducha Świętego wszystkie władze duszy zaczynają działać i dążyć do zjednoczenia z Bogiem. Jan od Krzyża jako argument podaje tutaj słowa św. Pawła: kto łączy się z Panem, jest z Nim jednym Duchem (1 Kor 6, 18). Dlatego też wszystkie czynności duszy są podyktowane działaniem Ducha Świętego i pochodzą tym samym z woli Boga.

 

Duch Święty, działając w nas, w pierwszej kolejności przenika naszą duszę. Każdy płomień miłości, który jest owocem działania w duszy Ducha Świętego, jest napełnieniem człowieka obfitością życia Bożego (Jan od Krzyża, Żywy płomień miłości, 1, 1-3). Dlatego Jan od Krzyża nazywa Ducha Świętego upaleniem. Zadaje On bowiem na początku swego działania ranę. Jest On ogniem miłości, który daje nieskończoną siłę. Częstokroć jednak Duch Święty działa z wielką gwałtownością w życiu ludzkim (Jan od Krzyża, Żywy płomień miłości,2,1-7).

 

Duch Święty u Jana od Krzyża, tak jak w Piśmie Świętym, podobny jest do wichru. Dzięki Jego powiewowi cnoty rozkwitają w człowieku, wydając przepiekaną woń, a tym samym sprawiają radość Najwyższemu (Jan od Krzyża, Pieśń duchowa, 13,11). Dusza staje się napełniona wszelakiego rodzaju darami i budzi w woli uczucia nieskończonej Bożej miłości, która wznosi się ku swemu Stwórcy (Jan od Krzyża, Pieśń duchowa, 26,3; 31,4; 17,4).

 

Dzięki działaniu Ducha Świetnego, dusza staje się wolna od pożądliwości. W przeciwnym wypadku, gdy na przykład daje się uwieść wdziękowi stworzeń, dusza staje się brzydka i gorzka w oczach Boga. Odnowiona przez Ducha Świetnego, staje się pokorna i doskonała, uwolniona od zmysłowości. Bóg udziela się duszy, daje jej swoje łaski. Dzięki temu dusza jest zdolna do przyjęcia Jego miłości. A wszystko to dzieje się przy udziale Ducha łaski, którym jest Duch Święty.